เคย์และเจย์กลับมารวมตัวกันอีกครั้งเพื่อเตรียมการป้องกันที่ดีที่สุด ครั้งสุดท้ายและเพียงหนึ่งเดียวจากสาวยั่วยวนผู้ล่อลวงผู้ท้าทายความท้าทายที่ยากที่สุดให้กับพันธกิจที่ปราศจากมลทินของ MIB นั่นคือการปกป้องโลกจากขยะแห่งจักรวาล เป็นเวลาสี่ปีแล้วที่สายลับค้นหาเอเลี่ยนสามารถหลีกเลี่ยงภัยพิบัติระหว่างกาแล็กซีขนาดมหึมาได้ ตอนนี้มันต้องแข่งกับเวลาเพราะเจย์ต้องโน้มน้าวให้เคย์ซึ่งไม่เพียงแต่ไม่มีความทรงจำเกี่ยวกับเวลาที่เขาใช้กับ MIB เท่านั้น แต่ยังเป็นคนเพียงคนเดียวที่ยังมีชีวิตเหลืออยู่ซึ่งมีความเชี่ยวชาญในการกอบกู้กาแล็กซี ให้กลับมารวมตัวกับ MIB อีกครั้ง แผ่นดินโลกยอมจำนนต่อการทำลายล้างขั้นสูงสุด