เจ้าหน้าที่ J และ K กลับมาแล้ว…ทันเวลา เจได้เห็นสิ่งที่อธิบายไม่ได้บางอย่างตลอด 15 ปีที่เขาอยู่กับ Men in Black แต่ไม่มีอะไรเลย แม้แต่เอเลี่ยน ทำให้เขางุนงงได้มากเท่ากับคู่หูเจ้าเล่ห์และเงียบขรึมของเขา แต่เมื่อชีวิตของเคและชะตากรรมของโลกตกเป็นเดิมพัน เจ้าหน้าที่เจจะต้องเดินทางย้อนเวลากลับไปเพื่อแก้ไขสิ่งต่างๆ ให้ถูกต้อง เจค้นพบว่ามีความลับในจักรวาลที่เคไม่เคยบอกเขา ความลับที่จะเปิดเผยในขณะที่เขาร่วมมือกับเจ้าหน้าที่เคหนุ่มเพื่อปกป้องคู่หูของเขา หน่วยงาน และอนาคตของมนุษยชาติ