หลังจากการไล่ล่าของตำรวจโดยมีสิ่งมีชีวิตจากนอกโลก ตำรวจนครนิวยอร์กได้รับคัดเลือกให้เป็นตัวแทนในองค์กรลับสุดยอดที่จัดตั้งขึ้นเพื่อติดตามและตำรวจกิจกรรมของมนุษย์ต่างดาวบนโลก: Men in Black เจ้าหน้าที่ Kay และเจ้าหน้าที่คนใหม่ Jay พบว่าตัวเองอยู่ท่ามกลางแผนร้ายของผู้ก่อการร้ายข้ามกาแล็กซีที่มายังโลกเพื่อสังหารทูตสองคนจากกาแล็กซีฝ่ายตรงข้าม
